食品行业健康证在疾病预防中心或者是卫生院进行办理。
《中华人民共和国食品安全法》第四十五条
食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。
从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查，取得健康证明后方可上岗工作。
第四十六条 食品生产企业应当就下列事项制定并实施控制要求，保证所生产的食品符合食品安全标准：
（一）原料采购、原料验收、投料等原料控制；
（二）生产工序、设备、贮存、包装等生产关键环节控制；
（三）原料检验、半成品检验、成品出厂检验等检验控制；
（四）运输和交付控制。
1.办理健康证前先进行健康查体。
(1)带身份证和个人免冠一寸彩色照片2张，到收费处缴纳体检费，领取体检表，粘贴照片(另一张领健康证用)、填写好姓名、性别等基本情况。
(2)检验室采血、大便肛拭化验。
(3)内、外科常规体检。
(4)光胸透。
(5)完成全部体检项目。
2.制定健康证
查体结果符合发放健康证条件的，经卫生监督机构组织的卫生法律法规知识培训合格后，将本人一寸正面免冠彩色照片到所管辖的卫生局卫生监督所办理健康证明。查体结果不符合发放健康证条件的，不予办理健康证。
找法网提醒您，办健康证一般需要一周左右。从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员或者在公共场所直接为顾客服务的人员，需要携带本人的身份证等材料去进行健康检查，获得健康证后才能从事相关工作。
《公共场所卫生管理条例》第七条
公共场所直接为顾客服务的人员，持有“健康合格证”方能从事本职工作。患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎、活动期肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病以及其他有碍公共卫生的疾病的，治愈前不得从事直接为顾客服务的工作。
