公司合并后以以合并后的单位为被告；单位分立的，以分立后的单位为共同被告。
根据法律规定，企业法人合并的，因合并前的民事活动发生的纠纷，以合并后的企业为当事人；企业法人分立的，因分立前的民事活动发生的纠纷，以分立后的企业为共同诉讼人。
找法网提醒您，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十三条企业法人合并的，因合并前的民事活动发生的纠纷，以合并后的企业为当事人；企业法人分立的，因分立前的民事活动发生的纠纷，以分立后的企业为共同诉讼人。
公司合并程序的具体程序是：
1.董事会制订合并方案；
2.签订公司的合并协议；
3.编制资产负债表和财产清单；
4.合并决议的形成；
5.向债权人通知和公告；
6.合并登记。
《公司法》第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
公司合并要注意以下问题：
1.换股比例的约定及调整；
2.员工补偿、安置条款；
3.违约责任及赔偿、补偿条款；
4.公司合并生效的前提条件；
5.合并后责任的承担。
《中华人民共和国公司法》第一百七十四条公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
