合伙协议和公司章程不一致的办理是按照生效时间先后决定。合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。合伙协议成立在先的，应当适用公司章程；公司章程成立在先的，应当适用合伙协议。
《中华人民共和国公司法》第十九条【党组织】在公司中，根据中国共产党章程的规定，设立中国共产党的组织，开展党的活动。公司应当为党组织的活动提供必要条件。
1.法定性不一样，公司章程依法是必须制定的;而股东合伙协议，则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
2.约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力;而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。
3.隐私保护程度不同。?股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性;但在公司章程里备案的股东姓名、名称及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者。
4.约定的内容不一样。公司章程主要的内容是应当载明下列事项：?公司名称?和住所;?公司经营范围?;?公司注册资本?;股东的姓名、名称;?公司法定代表人等等。合伙协议的内容主要就是针对股东如何设立公司等事情。
找法网提醒您，公司章程可以自由约定的事项是：
1.股东的出资方式、出资额和出资时间；
2.公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；
3.公司法定代表人；
4.股东会会议认为需要规定的其他事项。
