专利侵权的赔偿方式有三种情况：
1.按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；
2.实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；
3.权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。
法律依据：
《专利法》第六十五条
侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。
专利侵权赔偿纠纷的解决流程是：
1.当事人可以自行协商处理纠纷，协商一致的，签订协议书;
2.如果双方协商不成的，可以向专利管理部门申请调解，调解一致的，签订调解书;
3.如果调解不成的，当事人可以向人民法院起诉，由人民法院判决。
找法网提醒，专利侵权处罚：由负责专利执法的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以处违法所得五倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得在五万元以下的，可以处二十五万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据：
《专利法》第六十八条
假冒专利的，除依法承担民事责任外，由负责专利执法的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以处违法所得五倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得在五万元以下的，可以处二十五万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第六十九条
负责专利执法的部门根据已经取得的证据，对涉嫌假冒专利行为进行查处时，有权采取下列措施：
（一）询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况；
（二）对当事人涉嫌违法行为的场所实施现场检查；
（三）查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；
（四）检查与涉嫌违法行为有关的产品；
（五）对有证据证明是假冒专利的产品，可以查封或者扣押。
