一、赔偿的计算方式有四种
《专利法》第六十条规定：“侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定;被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。”该条规定了专利侵权赔偿的三种计算方式：1、被侵权人因侵权受到的损失，2、侵权人因侵权获得的收益，3、按照专利许可费的倍数确定。
《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》(下称高院规定)第二十一条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定……没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。”这条规定了第4种计算方式，即法定赔偿。
专利侵权赔偿和商标侵权赔偿不同的是多了一种计算方式：按照专利许可费的倍数来计算。
高院规定第二十条：“人民法院依照专利法第五十七条第一款的规定追究侵权人的赔偿责任时，可以根据权利人的请求，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿数额。”同商标侵权赔偿一样，专利被侵权人可以选择第一种或者第二种方式来计算侵权赔偿。在第一、第二种方式不能计算的情况下，可以选择适用第三种计算方式，如果第三种计算方式仍不能适用的话，那么再选择第四种计算方式，所以这四种计算方式是有前后适用顺序的。
二、第一种计算方式(侵权人因侵权获得的利益)的适用
高院规定第二十条第三款：“侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。”
这个规定和商标差不多，计算方式比商标要明确一些，而且还多了一种依据，如果侵权人以侵权为业的，按照销售利润计算，在会计制度上营业利润和销售利润是不一样的，销售利润应该是大于营业利润的，而且销售利润也比营业利润好计算一些，这样的规定给被侵权人提供了计算的便利。
三、第二种计算方式(被侵权人因为侵权而受到的损失)的适用
高院规定第二十条第二款：“权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。”
专利被侵权人因为侵权而受到的损失同商标侵权一样一般来讲也是很难计算的，但是专利的规定比商标的规定具有可计算性，以侵权人的销售数量乘以专利权人每件专利产品的合理利润显然比较好计算，并且也大大减小了专利权人的举证难度，只有找到侵权人的销售数量就可以了，不必象商标那样还有找到依据计算单个侵权产品的利润，也排除了侵权人的销售并没有下降，而损失无法计算的情形。
四、第三种计算方式(按照专利许可费的倍数确定)的适用
高院规定第二十一条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额。”
参照许可费，在对于商标的规定中是放到法定赔偿里面的，但是在实务操作中，法院也会单独作为一种计算方式来计算。参照许可费，专利和商标最大的不同是商标只按许可费来直接计算，而专利带有一定的惩罚性，可以按照三倍以下进行赔偿，象美国的专利侵权赔偿可以给予3倍的惩罚。在我国知识产权侵权赔偿一般采取填平原则，即损失多少赔偿多少，没有惩罚性的赔偿，只有在著作权侵权赔偿中可以按照稿费的2-5倍来计算赔偿额，另外就专利侵权赔偿在适用许可费来计算侵权赔偿时可以带有一些惩罚性。
五、第四种计算方式(法定赔偿)的适用
高院规定第二十一条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定……没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。”
有关专利侵权的法定赔偿其实和商标也比较接近，只是专利规定了保底数字，显然比商标的相关规定要科学，专利最低的法定赔偿数为5000元，而商标并没有最低数的要求，还有一个区别，专利一般最高为30万元，对于50万元的是不得超过，规定比较强硬。法官自由裁量考虑的因素，也差不多，都是根据侵权的性质和情节等来判断。
六、关于合理的开支
高院规定第二十二条：“人民法院根据权利人的请求以及具体案情，可以将权利人因调查、制止侵权所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。”这个规定和商标相似，但是商标侵权赔偿规定明确指出了律师费用是可以作为合理开支的。在实务操作中，律师也会将律师费和调查取证的费用一起计算到合理的费用中去。
七、连续侵权的赔偿计算问题
高院规定第二十三条：“侵犯专利权的诉讼时效为二年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。权利人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在继续，在该项专利权有效期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。”我们可以看到这个规定和商标的相关规定几乎是一样的，所以如果知道有人在侵权最好是在两年内就起诉，免得过了诉讼时效的部门不能追究了。
最后，我们还是可以总结一下，给大家一个和商标侵权赔偿一样的简单公式套用，作为普通的被侵权人可以以此粗略计算赔偿数额：
侵权赔偿=侵权产品数量(起诉日往前两年以上的除外)×单个利润+调查取证的花费+律师费
