公开招标连续两次流标后处理流程是有关行政监督部门备案核准后可以不再招标，采取其他非招标方式进行采购。属于必须审批、核准的工程建设项目，报经原审批、核准部门审批、核准后可以不再进行招标;其他工程建设项目，招标人可自行决定不再进行招标。
资格预审结束后，招标人应当及时向资格预审申请人发出资格预审结果通知书。未通过资格预审的申请人不具有投标资格。通过资格预审的申请人少于3个的，应当重新招标。
招标人应当按照招标文件规定的时间、地点开标。投标人少于3个的，不得开标;招标人应当重新招标。投标人对开标有异议的，应当在开标现场提出，招标人应当当场作出答复，并制作记录。
流标后招标代理公司应该直接退还投标保证金。招标人最迟应当在与中标人签订合同后五日内，向中标人和未中标的投标人退还投标保证金及银行同期存款利息。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十一条，招标人终止招标的，应当及时发布公告，或者以书面形式通知被邀请的或者已经获取资格预审文件、招标文件的潜在投标人。
已经发售资格预审文件、招标文件或者已经收取投标保证金的，招标人应当及时退还所收取的资格预审文件、招标文件的费用，以及所收取的投标保证金及银行同期存款利息。
招标代理费与招标的次数是没有关系的，具体的费用按照招标代理合同里的费用支付就行。招标代理费是一次性的，而且按照代理合同支付，而且如果是规定中标人支付，必须提前通告，保证投标人接受该条款，否则合同无效。
