1.丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联到主管税务机关(正常)认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并用专用发票抵扣联复印件留存备查。开票方和税局无需特殊处理。
2.丢失抵扣联的处理：可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，将专用发票发票联作为记账凭证，专用发票发票联复印件留存备查。无需开票单位作任何处理，税局在认证时以发票联作为抵扣认证依据。
3.丢失发票联和抵扣联的处理：购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
4.丢失记账联的处理：一般来说，如果发票开出后尚未寄出，可(开票单位)将发票的发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
5.丢失全联次处理：一般是结合3和4的处理方式合并进行处理。
发票丢失的处罚是根据情况严重程度而定，以下：
1.丢失发票的，根据法律规定，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；
2.情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。
找法网提醒，发票丢失可不可以补开需视情况而定：
1.普通发票丢失了可以补，让开具发票的公司拿原件复印一份，让开票方到税局报个失，税局处理后一般就会开具罚单或行政处罚意见书；
2.增值税普通发票丢失，购货方取得销货方开具的防伪税控增值税普通发票发生丢失的，由销货方向主管税务机关提出申请。
1.发票证明由丢失票据的一方写明，开头文档正中间写“证明”，开头称呼是管税务机关的全称。
2.正文直接说明，在什么时间，为谁开具的发票及发票类型，注明发票流水号，说明发票丢失的原因。
3.将发票内容、发票号及发票金额写明，末尾写，特此证明，落款填写公司名称及日期，加盖公章。
