工程保证金有5种，即投标保证金、履约保证金、工资保证金、工程质量保证金、援外项目投标保证金。工程保证金主要是为建设工程中的投标人向招标人提供各类合同义务的履约保证，不得与其他费用混同，不得擅自挪用。
适用诉讼时效，诉讼时效三年，我国法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《民法典》第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
找法网提醒您，建设工程质量保证金应当在当事人约定的建设工程质量保证金期限届满之后返还，如果双方当事人没有进行约定的，则在建设工程通过竣工验收之日起满二年返还质保金。
