医疗纠纷赔偿协议合法有效。医疗事故赔偿协议满足以下条件就有效：
1.行为人具有相应的民事行为能力。
2.意思表示真实。
3.不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
找法网提醒您，《民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
医疗纠纷协议书写应当包括以下内容：
1.双方当事人的基本情况及要求。包括当事人姓名、性别、年龄、住址、身份证号码、简要的治疗经过、陈述的主要意见、理由、申请鉴定时间等，医疗机构要载明医疗机构名称、地址、《医疗机构许可证》代码，医务人员要载明专业、专业技术任职资格、合法执业资格证书代码。
2.双方当事人协商的结果。调解结果至于固定下来才有约束力，对当事人同意的调解结果一定要写进调解协议书中。
3.对双方当事人的效力。
4.尾部。包括双方当事人及调节机构的签章以及日期等。
医疗纠纷补偿金计算方式如下：医疗费赔偿金额=已发生医疗费用（不含原发病医疗费用）+预期医疗费用；误工费赔偿金额=误工时间×收入标准（患者因误工减少的固定收入）；住院伙食补助费=住院时间×医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准；其他具体费用。
