国企员工休病假两年以上处理方式是：
如果是按照规定的医疗期来依法休病假的，则单位不能因此而解约，并且仍然需要按规定向其发放病假工资；如果规定的医疗期届满或者员工休病假的期限违反法律、行政法规的规定的，则单位可以依法与其解约。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条
【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
找法网提醒您，病假一天扣工资数额等于月薪除以21.75再乘以40%，其中40%为最大扣款比例，一般公司扣款比例低于40%，且部分公司设有一定天数的带薪病假。在扣除病假工资时，不得使员工的工资在扣除后低于当地的最低工资标准的百分之八十。
《中华人民共和国劳动法》第五十一条
劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
按照法律规定，职工休病假非因工负伤的,医疗期为3到12个月,最长延至24个月. 职工恶意请病假的,公司可以不批,职工擅自不上班的属于矿工,按照合同或公司劳动纪律处罚。病假在劳动法规上称作“医疗期”， 医疗期：是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。
