工程专业分包合同需要备案。因为总承包单位都对施工安全、质量等负有主要责任，为了对中下层服务单位有一定的约束，就形成了协议合同以及备案这一种书面文件。一般情况下，订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条
订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
找法网提醒您，工程专业分包纠纷处理方法：
1.协商处理，发生争议的当事人之间自行协商和解解决。
2.双方签订了仲裁协议的，可以按照仲裁协议的内容申请仲裁解决纠纷。
3.可以向法院提起诉讼解决纠纷。
建筑工程中需进行专业分包的项目有消防、煤气、自来水加压、配电室高压侧等行业垄断的项目，网架、钢结构、幕墙、降水、护壁、打桩、弱电监控、电梯等专业性较强的项目。
根据《中华人民共和国建筑法》第二十九条建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位；但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。施工总承包的，建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成。
建筑工程总承包单位按照总承包合同的约定对建设单位负责；分包单位按照分包合同的约定对总承包单位负责。总承包单位和分包单位就分包工程对建设单位承担连带责任。
禁止总承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。
