非法占用土地建房子的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
《中华人民共和国土地管理法》
第七十八条
农村村民非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。因此，不管是农村村民还是其他主体非法占用永久基本农田建房，均面临被拆除建筑物和其他设施的处罚。
第七十九条
无权批准征收、使用土地的单位或者个人非法批准占用土地的，超越批准权限非法批准占用土地的，不按照土地利用总体规划确定的用途批准用地的，或者违反法律规定的程序批准占用、征收土地的，其批准文件无效，对非法批准征收、使用土地的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。非法批准、使用的土地应当收回，有关当事人拒不归还的，以非法占用土地论处。非法批准征用、使用土地，对当事人造成损失的，依法应当承担赔偿责任。
找法网提醒，非法占用农用地罪的惩罚如下：
非法占用农用地罪的处罚是五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第三百四十二条
违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
1.违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，造成耕地、林地等农用地大量毁坏。
2.涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（1）非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上的；
（2）非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的；
（3）非法占用其他林地十亩以上的；
（4）非法占用其他农用地数量较大的情形。
3.违反土地管理法规，非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成耕地种植条件严重毁坏或者严重污染，被毁坏耕地数量达到以上规定的。
