处理农村非法占地建房的问题的方法如下：
1.对于占用宅基地的面积超出了批准面积和建房标准的，根据《土地管理法》第七十七条的规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
2.对于因为历史原因而占用超过政策所规定的面积的，宅基地占用人应对自己多占或超出的面积进行付费使用。
3.对于因为历史原因而出现一户多宅的情形的，拥有多出宅基地的占用人应当将多余的宅基地通过向本集体经济组织内部成员转让的方式有偿退出对宅基地的占用。
找法网提醒您，非法占地的表现形式：
1.未经批准擅自占用土地的；
2.采取各种欺骗手段，骗取批准而非法占用土地的；
3.超过批准的数量，多占土地的；
4.非法批准、使用土地的当事人拒不归还的；
5.在土地利用总体规划确定的禁止开垦区内进行开垦的。
《土地管理法》第七十七条规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除。
举报非法占地建房是举报人收集行为人非法占地的相关证据，向当地的土地行政主管部门举报即可。未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地。
《中华人民共和国土地管理法》第七十六条未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用地土地上新建的建设物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
