房屋主体质量不合格的认定标准是：
1.房屋交付前未经验收；
2.房屋交付前虽经验收但验收不合格；
3.房屋交付使用后房屋主体结构质量经核验确属不合格。
法律规定，因房屋主体结构质量不合格不能交付使用；
或者房屋交付使用后，房屋主体结构质量经核验确属不合格，买受人请求解除合同和赔偿损失的，应予支持。
找法网提醒您，房屋质量不合格的处理方法如下：
1.对于未对居住使用造成严重影响，可先进行房屋的交接，然后再要求卖房人进行修复并赔偿损失，对开发商交付的房屋不属于主体结构质量不合格的一般质量问题，在保修期内，购房者可请求其维修，因维修致使房屋使用功能受到影响或给购买人造成损失的，开发商应当负赔偿责任；
2.在合同履行中，由于房屋主体结构质量问题直接关系到使用的安全性，而且修复不可能或成本甚巨，开发商交付的房屋属于主体结构质量不合格的，应先请求房屋所在地的房屋工程质量监督单位检查，在取得房屋质量鉴定不合格的证书后，可要求开发商予以退房，对因此造成损失的，开发商应承担赔偿责任。
房屋质量不合格赔偿纠纷的诉讼时效是3年。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
