三方协议书和劳动合同有以下差异：
1.签订时间不同：
三方协议：应在毕业生就业之前签订。
劳动合同：在毕业生到用人单位报到后才签订。
2.主体不同：
三方协议：适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的鉴证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位；
劳动合同：只适用于劳动者（含应届毕业生）与用人单位（不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统）之间，与学校无关。
3.内容不同：
三方协议：内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接受毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案，而不涉及毕业生到用人单位报到后应享有的权利义务。
劳动合同：主要内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，劳动权利义务更为明确。
三方协议书和劳动合同的相同点：
前者是后者的基础。
找法网提醒您，毕业时的三方协议不是必须签。
三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，法律没有要求毕业生必须签订三方协议。
如果还未毕业，学生不是真正意义上的劳动者，所以不适用《劳动法》，只能和公司签订三方就业协议书，而三方协议属于契约，受民法保护，不受劳动法保护，也就意味着可随时违约，也无需提早三十日提出。但是，如果三方协议上约定违约金，毁约的话则要按约定付违约金。
