办理专利权质押合同登记的方式：首先，应当由出质人与质权人订立书面合同。然后当事人共同前往国家专利行政管理部门申请登记。最后，专利行政部门经审查，确认符合条件的，予以登记，并发给相应质押证明。
《中华人民共和国民法典》第四百四十四条
以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的，质权自办理出质登记时设立。
知识产权中的财产权出质后，出质人不得转让或者许可他人使用，但是出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让或者许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得的价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存。
专利权质押登记需要下列材料：
1.双方当事人身份证明。个人提交身份证复印件，企业提交加盖公章的营业执照复印件，事业单位提交加盖公章的事业单位法人证书复印件。
2.双方当事人委托代理人办理登记的委托书及代理人身份证复印件。
3.专利权质押合同。
4.专利权质押登记申请表。
找法网提醒您，专利权质押有如下特征：
1.专利权质押的标的物是权利——专利权中的财产权作为标的。动产质押的标的物则是动产。其他权利质押的标的物是各种不同于专利权的权利。
2.在专利权出质期间，质权人是绝对没有权利许可他人使用或转让该出质的权利的，质权人只有占有和保全该权利的权利。
3.在专利权出质期间，维持专利权本身的一切费用应由出质人承担，如专利年费、专利规费等。但质权人如认为该出质的权利可能对自己有益，也可自己出费用，对这些费用，质权人有权请求出质人补偿。
4.专利质押登记生效。动产质押要把质物交付质权人生效。但是，专利质押除订立质押合同外，还必须办理出质登记，质权自登记之日起生效。
