工程合同质保金的支付方式有：可采取现金、预留款项、保函等方式支付。对于一般的工程项目，法律并没有对质保金支付方式进行限制，发承包双方能够协商一致即可。发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的３％。如果是以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于３％。
找法网提醒您，工程质保金退还申请书内容的写法如下：
1.保证金预留、返还方式；
2.保证金预留比例、期限；
3.保证金是否计付利息，如计付利息，利息的计算方式；
4.缺陷责任期的期限及计算方式；
5.保证金预留、返还及工程维修质量、费用等争议的处理程序；
6.缺陷责任期内出现缺陷的索赔方式；
工程质量质保金是自竣工验收合格之日起需要计提。建设工程保修期是指在正常使用条件下，建设工期的最低保修期限。国务院的《建设工程质量管理条例》第四十条规定。
找法网提醒您，根据《建设工程质量管理条例》第四十规定，施工单位对施工中出现质量问题的建设工程或者竣工验收不合格的建设工程，应当负责返修。
(一)基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；
(二)屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年；
(三)供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期；
(四)电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。
