海关立案侦查是进行的方式是海关缉私部门对受理的案件，应当在受案后立即对案件材料进行审查。对不属于自己管辖的案件，应当在二十四小时内移送有管辖权的机关处理。其中立案是指：经过审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，应当予以立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微，不需要追究刑事责任的，不予立案。
海关立案侦查一般需要三个月左右。逮捕嫌疑人侦查期限，一般是2个月，特殊情况下经依法批准可以延长。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》规定海关扣留货物、物品、运输工具以及账册、单据等资料的期限不得超过1年；因案件调查需要，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以延长，延长期限不得超过1年。但复议、诉讼期间不计算在内。
海关的处罚种类：
1.警告
海关警告，是海关向海关行政违法的当事人提出谴责和告诫，使其认识到自身行为的违法性，以后不再重犯的处罚。警告属于申诫罚，是国家对当事人的违法行为正式作出的一种否定性评价。警告的影响主要是给当事人形成一定的心里压力，造成名誉的损失，面对不利的社会舆论环境。
2.罚款
海关罚款是指海关强迫违法的当事人缴纳一定的金额，通过使其在经济上受到损失，警示其今后不再发生违法行为。
罚款是海关行政处罚适用中比较普遍，适用频率较高的处罚种类。这也是和海关行政违法行为多涉及经济利益有关，例如，走私一般都是一种牟利行为，剥夺当事人一定的财产权利，正是击中其要害的一种处罚手段，以警士其今后不犯。
