处理土地权属纠纷的程序是：
1.协商。因土地使用权发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决；
2.调解。当事人可以通过调解解决纠纷；
3.仲裁。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向辖区仲裁机构申请仲裁；
4.诉讼。根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
找法网提醒您，土地纠纷有诉讼时效，诉讼时效一般是3年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起计算，超过二十年的人民法院不予保护，特殊情况可以申请适当延长。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
1.土地管理部门违法审批引起的宅基地纠纷案件；
2.争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷案件；
3.建房户私下调换宅基地引发的纠纷案件；
4.用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷案件；
5.未经共同使用人同意，部分共用人擅自使用共用的宅基地而引发的纠纷案件；
6.未经有关部门确权和统一规划的宅基地因界址不明引起的纠纷案件。
