遇到土地流转纠纷双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡镇人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
1.土地流转不改变土地的性质，也就是说之前是农用地，流转后依然是农用地。而“以租代征”的实质是假借土地流转之名，改变农用地的性质进行土地开发，在农用地建设永久性建筑，对耕地造成很大的破坏。
2.土地流转受让方必须从事农业经营，要有能力搞好农业生产、管理好农用地。而“以租代征”的用地方大多是一些房地产开发企业或工业制造企业，不具备农业生产经营能力。
3.土地流转的主体是承包方，有权决定是否流转以及如何流转承包地，土地流转是完全自愿进行的。而“以租代征”的主体是基层政府或村委会，经常伴随有欺骗、强迫甚至暴力。
4.土地流转的收益归承包方所有，这一点不能有任何的回旋余地，不可有任何的马虎。而“以租代征”的收益很大一部分被地方政府或村委会以各种名义截留，有的甚至是已经把土地征了出去，但仍是支付着失地农民少量的年租金。
5.土地流转是国家积极鼓励的，专门出台法律法规，以各种形式鼓励农民自愿、互利地进行土地流转。而“以租代征”是国家明令禁止的行为。
找法网提醒您，签订土地流转合同要注意以下事项：
1.流转合同事宜农户要与流入方签订书面流转合同，如果当地有土地流转服务中心或类似机构，建议在服务中心工作人员的指导下签订规范的土地流转合同，并做好流转价格评估、业主资质审查、土地集中连片协调、合同登记备案以及合同执行情况督查等相关工作。
2.流转土地的用途农户承包的耕地只能用于农业生产经营，不能用作建筑、商业等其他用途。
3.违约责任流转双方在合同履行期间不按合同约定或合同签订违反农村土地流转的有关法律、法规、政策，由此发生争议或纠纷的应按合同的具体条款调解、协商、仲裁或向法院起诉。
