土地承包合同系统违约的赔偿方式是：有约定的按照合同约定赔偿，没有约定的按照实际造成的损失赔偿，赔偿不得超过实际损失的30%。除损害赔偿外，当事人有权要求对方继续履行合同、采取补救措施。
找法网提醒您，根据《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第五百八十四条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
土地承包合同纠纷的诉讼时效是3年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
找法网提醒您，农村土地承包合同纠纷的处理办法如下：
1.协商。因土地承包经营发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决；
2.调解。当事人可以通过调解解决纠纷；
3.仲裁。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁；
4.诉讼。根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。
