植物新品种权申请程序要按以下步骤走：
1.育种者应提交相应的申请文件。
2.文件准备齐全后，申请林业植物新品种权的申请人，可以直接向国家林业局提出申请，也可委托国家林业局指定的代理机构代理申请。对于申请品种权的育种者，可以直接向国家林业局植物新品种保护办公室递交申请文件，也可通过邮局邮寄申请文件。
3.申请文件递交后，申请人所申请的保护品种将在国家林业局下发的书面公告或网上进行公告，如果在公告期没有任何人对该品种提出质疑，该申请人将获得新品种保护权。
植物新品种保护期限是十五年时间。根据相关法律规定，一般植物的保护期限为15年。而藤本植物、林木、果树和观赏树木为20年。并且品种权的保护期限，自授权之日起计算。
《中华人民共和国植物新品种保护条例》第三十四条，品种权的保护期限，自授权之日起，藤本植物、林木、果树和观赏树木为20年，其他植物为15年。
第三十五条，品种权人应当自被授予品种权的当年开始缴纳年费，并且按照审批机关的要求提供用于检测的该授权品种的繁殖材料。
植物新品种权保护的最终目的是鼓励更多的组织和个人向植物育种领域投资，从而有利于育成和推广更多的植物新品种，推动我国的种子工程建设，促进农林业生产的不断发展。
找法网提醒，由于我国对植物新品种权的法律保护还处于探索阶段，有必要对国际上现行的植物新品种权保护的相关制度进行比较分析，以确定对植物新品种权的保护模式。了解我国的植物新品种的保护能够使植物新品种权利人更好的保护自己的利益，鼓励发展种子工程建设。
