法定不起诉和酌定不起诉存疑不起诉区别在：
1.法定不起诉是指犯罪嫌疑人没有犯罪事实；
2.酌定不起诉是检察官根据起诉便宜主义对自己拥有的诉权的舍弃而决定不起诉；
3.存疑不起诉，是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
《刑事诉讼法》第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
找法网提醒您，法定不起诉的情形如下：
1.犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
2.超过了犯罪追诉时效期限的；
3.被特赦的；
4.属于告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的；
5.犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
6.属于其他法律规定不起诉情形的。
法定不起诉不会留下案底。案底是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称为"前科"。个人的刑事犯罪记录，存于当地或上至国家级的档案中，是自然人的历史另类表现。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百七十五条规定：犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
