达成医疗事故赔偿协议的方式是由双方当事人协商确定，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
找法网提醒您，根据《医疗事故处理条例》第四十七条双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
医疗事故诉讼时效是三年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
医疗事故医院赔偿如下:
1.医疗费：凭据支付，但不包括原发病医疗费用。
2.误工费：上一年度职工年平均工资/365天*误工时间(计算至定残前一日)。
3.住院伙食补助费：根据当地情况而定。
4.陪护费：上一年度职工年平均工资/365天*陪护时间。
5.残疾生活补助费：各地标准不同，一般按照年度居民可支配收入*20年*20%
6.残疾用具费：凭医疗机构证明，购买发票计算。
7.交通费：凭据支付。
8.住宿费：凭据支付。
9.精神损害抚慰金：根据不同损害程度确认。
参加医疗事故处理的患者近亲属所需交通费、误工费、住宿费，计算费用的人数不超过2人。
