1.申请机构不一样。商标是通过商标局进行申请的，版权是通过中国版权登记中心进行登记的。
2.保护对象不同。我国商标权的获得必须履行商标注册程序，而且实行申请在先原则。《中华人民共和国商标法》规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受法律保护。著作权一般自动产生，不需要经过某些特别程序，根据《中华人民共和国著作权法》的规定，我国的公民和法人以及非法人组织是以作品的完成为著作权产生的标志而不是发表时。
3.保护期限不同。商标的期限只有10年有限期，超过10年需要进行商标续展。而版权进行登记之后，保护期为作者终生及死后50年。
4.客体不同。商标是区别同一商品或者服务的不同经营者并表明商品或者服务质量的商标标识本身。而版权（著作权）是针对文字、音乐、艺术、科学创作等原创的保护。
侵犯注册商标权的处理方式是可以向工商行政管理部门投诉或者举报。侵犯注册商标专用权的侵权人应承担的法律责任。其具体形式有：
1.责令停止侵权行为。
2.罚款。
3.赔偿损失。未经注册商标所有人许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;情节特别严重的，处3年以上七年以下有期徒刑，并处以罚金。
商标侵权的认定标准如下：
1.存在违法使用他人商标的行为，比如销售侵犯注册商标专用权的商品；
2.行为人主观方面有过错；
3.造成了损害后果；
4.侵权行为与损害后果之间存在因果关系。
找法网提醒您，根据《商标法实施条例》第七十六条规定，在同一种商品或者类似商品上将与他人注册商标相同或者近似的标志作为商品名称或者商品装潢使用，误导公众的，属于商标法第五十七条第二款规定的侵犯注册商标专用权的行为。
第七十七条规定，对侵犯注册商标专用权的行为，任何人可以向工商行政管理部门投诉或者举报。
