处理因税务机关责任造成的少交税费问题的方法是：
税务机关在三年内可以要求纳税人补缴，但是不得加收滞纳金。
《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条
因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金;有特殊情况的，追征期可以延长到五年。对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。
找法网提醒您，税务管理职责包括以下五项：
1.决策，是指国家及其税务机关对税收政策、法规、计划和税收管理体制等的选择与决断；
2.计划，是指税务机关在一定时期内确定工作任务及完成任务的方法措施；
3.组织，是指按照税务管理活动的范围和要求，把管理机构、管理形式、管理方法、管理体制、管理人员等管理因素有机地结合起来，形成强有力的管理指挥系统和管理工作系统，以保证税务管理活动顺利进行。
4.监督，是指税务机关对纳税人的经济活动和履行纳税义务情况进行反映、检查和控制，以及上级税务机关对下级税务机关及其管理人员的工作进行检查、督促和考核；
5.其它。
税务管理机关可以实施行政处罚。
税务行政处罚是指公民、法人或者其他组织有违反税收征收管理秩序的违法行为，尚未构成犯罪，依法应当承担行政法律责任，由税务机关依法对其实施一定制裁的措施。这是税务机关给相对人一定制裁措施的具体行政行为，是一种可诉讼行为，税务机关实施行政处罚时必须按照法定程序和权限作出。
