处理拆迁征迁纠纷官司案件的方法是：
1.确定被告；
2.撰写起诉状、准备相关证据材料；
3.携带上述材料到到人民法院提起行政诉讼。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条的规定，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议签订以后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
找法网提醒您，拆迁补偿诉讼时效是六个月，自知道或者应当知道作出行政行为之日或被侵害之日起计算。公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计入起诉期限。
《行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
由败诉方支付诉讼费用，因为拆迁合同发生纠纷的时候，除了可以协商调解处理，还能通过诉讼的方式来处理，法院受理案件以后，原告需要先行垫付诉讼费用，然后由法院依法审理，最终由败诉方来承担诉讼费用。
诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。
部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
