运输合同纠纷的处理方式有以下选择：
1.协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
2.调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3.仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
4.诉讼。
起诉书上交到法院后，符合起诉条件的，人民法院会在七日内立案，并通知当事人;不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理;原告对裁定不服的，可以提起上诉。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十六条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百二十二条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。
运输合同纠纷的管辖法院是运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院。
上述3个地方各人民法院对这类运输合同纠纷都有管辖权，当事人到任何一个法院起诉都可以。有管辖权的人民法院不得无故推托，应当依法受理。对两个以上有管辖权的人民法院，当事人只能选择其中一个法院起诉，由最先受理的人民法院审理。
