1.赔偿义务机关不同，前者的赔偿机关是行使侦查、检察、审判职权的各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法院、军队保卫部门，以及看守所、监狱管理机关及其工作人员，后者的赔偿义务机关是各级行政机关及其工作人员；
2.赔偿的范围不同；
3.赔偿程序不同。
行政赔偿诉讼时效为二年。规定如下：
1.赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内；
2.在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
行政赔偿的当事人应当包括行政赔偿的请求人和行政赔偿的义务机关，行政赔偿是指行政机关及其公务员违法行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，由国家给予受害人的赔偿。
找法网提醒您，《中华人民共和国国家赔偿法》第六条受害的公民、法人和其他组织有权要求赔偿。受害的公民死亡，其继承人和其他有扶养关系的亲属有权要求赔偿。受害的法人或者其他组织终止的，其权利承受人有权要求赔偿。
《中华人民共和国国家赔偿法》第七条行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。
