1.主体不同
出让主体：国有土地所有者，即国家，由法律授权的县以上人民政府予以具体实施;
转让主体：取得国有土地使用权的土地使用者。
2.行为性质不同
根据物权理论，出让：他物权设定;转让：他物权转移。
3.转移条件与程序不同
出让条件无限制，签订出让合同，缴出让金，即可办证;转让条件有限制，转让须经申请、审批或补办出让手续，缴纳税费，方可登记过户。
4.交易市场不同
出让，一级市场，即国家作为国有土地所有者垄断，由国土资源管理部门代表国家通过拍卖、招标、挂牌出让和协议四种方式出让土地。
转让：二级市场，即符合法定条件的自由转让，采取方式多为出售、交换和赠与。
5.涉及的费用不同
出让涉及的费用主要是土地出让金和土地证费;转让涉及的费用主要是一些税费(个人所得税、收益税等)。
土地流转后征地补偿款归集体，由集体分配给本集体经济组织的所有成员。安置补助费归土地承包人所有，青苗及地上附着物补偿费归经营种植者和附着物权利人所有。
农村土地承包经营权依法转让后，原承包人即退出承包关系，受让方与发包方形成新的承包关系，土地承包经营权的权利主体发生变更，受让方成为新的土地承包经营权人。
土地被征收后，受让方有权享有相应的土地补偿费。土地补偿费是指因国家征收农民集体所有的土地对土地所有者和土地使用者的补偿。土地被征收后，不仅需要对土地所有权人进行补偿，还需要对用益物权人即土地承包经营权人进行补偿。
土地转让纠纷诉讼时效是三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起计算。自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；涉及到不动产物权和登记返还财产的，不受诉讼时效限制。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
