三证合一公司注销流程是：
1.在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算；
2.公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记；
3.公司注销，并收缴营业执照。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第一百八十八条
【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
公司申请注销登记，应向登记机关提交下列文件:
1.由公司法定代表人签署并加盖公章的的《公司注销登记申请书》;
2.由公司清算组织负责人签署的注销登记申请书;
3.法院破产裁定、行政机关责令关闭的文件或公司依照《公司法》作出的决议或决定;
4.股东会或者有关机关确认的清算报告;
5.由税务部门出具的完税证明;
6.由银行出具的帐户注销证明;
7.《企业法人营业执照》正、副本;
8.法律、行政法规规定应当提交的其他文件。
找法网提醒您，在公司注销之前首先需要做清算，清算是一种法律程序。在公司注销时必须进行财产清算，未经清算自行终止的行为是不具备法律效力的，不受法律保护。
1.公司被依法责令关闭。
2.公司章程规定的营业期限届满或是公司章程规定的其他法定事由出现时。
3.公司因合并分立解散。
4.股会决议解散。
5.公司被依法宣告破产。
非以上缘由，不得解散。
找法网提醒，如果经过协商公司另一股东不愿意收购，则可以选择转让股东权利给第三人。
