三证合一公司注销的程序是：
1.成立清算组，清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告;
2.公司清算结束后，清算组应当制作清算报告;
3.公司申请注销登记，登报公告;
4.经公司登记机关注销登记公告后，公告公司终止。
从事生产经营的纳税人发生以下情形之一的，需持相关资料向所属主管税务所提出注销登记申请。
1.发生解散、破产、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务的，应当在向工商行政管理机关办理注销登记前，向原税务登记机关申报办理注销登记。
2.被工商行政机关吊销营业执照的，应当自营业执照被吊销之日起15日内，向原税务登记机关申报办理注销登记。
3.按规定不需要在工商行政机关办理注销登记的，应当在有关机关批准或宣告终止之日起15日，向原税务登记机关申报办理注销登记。
4.纳税人因生产经营地点、住所变更涉及改变税务登记机关的，应先向原税务登记机关申报办理注销登记，并自注销税务登记之日起30日内向迁达地税务机关申报办理税务登记。
找法网提醒您，纳税人到税务机关办理注销税务登记时，需要携带的资料包括：
1.营业执照副本的复印件，公章，上级主管部门批复注销文件或者董事会决议原件及复印件；
2.税务机关发放的发票领购簿以及领取的发票；
3.当期（月）申报表资料及完税凭证。
4.具有增值税一般纳税人资格的，要交回金税盘或税控盘等税控专用设备；涉及出口退税业务的企业还应一并提起注销出口退税资格的申请，因为按照规定，在注销税务登记前应先对其出口退税资格进行注销。
