工程审计费用由谁来支付的责任没有明文规定，一般在招标委托书中由双方约定，既可以由委托方承担，也可以由代理机构承担，还可以由中标人承担。审计单位与业主一般是按结算造价的比例支付审计费用，这个系数根据项目不同系数也不同，可以是百分之二或百分之三。另外超出审核造价后百分之五部分按百分之五的审计费由施工方支付。
找法网提醒您，工程审计的范围为：
1.审查决算资料的完整性。
2.竣工财务决算报表和说明书完整性、真实性审计。
3.各项建设投资支出的真实性、合规性审计。
4.建设工程竣工结算的真实性、合规性审计。
5.概算执行情况审计。
6.交付使用资产真实性、完整性审计等。
工程审计需要准备以下资料：
1.工程管理前期资料文件
(1)招标文件（含工程量清单、招标施工图纸、图纸审查意见书）；
(2)招标答疑纪要、招标标底；
(3)中标通知书、施工合同、补充合同及双方有关工程的洽商、变更等书面协议或纪要文件等；
(4)承包方的投标文件；（商务标、技术标及相关承诺等）。
2.工程管理过程资料
(1)施工图设计技术交底；
(2)图纸会审答疑记录；
(3)经批准的施工组织设计（或施工方案）；
(4)地基与基础隐蔽工程验收记录、地基处理记录、地基勘探记录；
(5)设计变更单、现场签证单、工作联系函；
(6)例会纪要、监理工程师通知或发包人施工指令；
(7)移交设备、材料明细签名册收单（制表表明型号、楼层、部位等）；
(8)其他有关影响工程造价、工期等资料。
3.工程档案资料
(1)工程竣工图及设计图纸的电子版本；
(2)工程竣工资料。
4.工程结算资料
(1)工程竣工图及设计图纸的电子版本；
(2)工程竣工资料。
