处理台湾通行证签注过期的情况的方式是可以重新办理。台湾通行证如果已经到期了，这个时候需要再次进行办理的，在办理的过程中还是到以前发放证件的公安机关去申请办理就可以了。
找法网提醒您，根据《中国公民往来台湾地区管理办法》第十条经批准前往台湾的大陆居民，由公安机关签发或者签注旅行证件。
第十一条经批准前往台湾的大陆居民，应当在所持旅行证件签注的有效期内前往，除定居的以外，应当按期返回。
1.护照和签证定义不同；
护照是一个国家的公民出入本国国境和到国外旅行或居留时,由本国发给的一种证明该公民国籍和身份的合法证件;
签证是一个国家的主权机关在本国或外国公民所持的护照或其他旅行证件上的签注、盖印，以表示允许其出入本国国境或者经过国境的手续，也可以说是颁发给他们的一项签注式的证明。
2.护照和签证作用不同；
3.护照和签证签发机关不同；
4.护照和签证有效期不同：
护照的有效期中国使用的普通护照有效期为10年，可以在有效期满前6个月之内申请办理延期2次，每次5年;签证的有效期一般国家发给3个月有效的入境签证，也有的国家发给1个月有效的入境签证。
5.护照和签证使用不同；
护照只有因私、因公、外交等分别;签证分旅游、商务考察、探亲、工作等。
办理《往来港澳通行证》一般15个工作日；网上申请、电话申请签注8个工作日；窗口申请、邮政代办点申请签注10个工作日。具体由工作人员效率决定。
《中华人民共和国出境入境管理法》第十条中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。
