公司因此拒绝认定工伤应该的处理办法是工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区行政部门提出申请。职工或者其直系亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。
找法网提醒您，根据《工伤保险条例》第二十一条职工发生工伤，经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应当进行劳动能力鉴定。
第二十三条劳动能力鉴定由用人单位、工伤职工或者其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。
如果不被认定工伤，可以要求责任人承担侵权赔偿，赔偿项目包括医疗费、护理费、交通费、营养费等。申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼。
《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条【人身损害赔偿范围】侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。
在确定工伤范围时，应注意，职工由于下列情形之一造成负伤、致残、死亡的，不应认定为工伤：
1.犯罪或违法;
2.自杀或自残;
3.斗殴;
4.酗酒;
5.蓄意违章;
6.法律、法规规定的其它情形。
