首先，由受理调解的卫生行政部门遵循当事人双方自愿原则，依法组织双方进行调解，最终确认具体的赔偿数额，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，无法达成协议的，调解终止。
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；
不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十八条
已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。
调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。
经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；
调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。
找法网提醒您，医疗事故纠纷的诉讼时效是三年。即患者或患者家属应当在知道或应当知道自身健康权利受到损害之日起的三年内向人民法院主张自己的权利，超过诉讼时效的，将丧失其胜诉权。但有特殊情况的经申请确认后，可以适当延长，但最长不会超过二十年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
医疗事故纠纷处理程序是：
1.确认为医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告；
2.当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请；
3.当事人可以自行协商解决，也可以经人民法院调解或者判决解决。
《医疗事故处理条例》第三十七条
发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。
当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。
