1.方式不同
（1）形式审查：商标局收到商标注册申请件后，首先进行的是形式审查。
（2）实质审查：是指国家专利局对申请专利的发明的新颖性、创造性、实用性等实质性内容所作的审查。
2.内容不同
（1）形式审查：申请书件的审查(文件是否齐全、填写是否规范、签字/印章是否缺少)、对商标图样规格、清晰程度及必要的说明的审查、分类审查(对填报的商品/服务项目的审查)。
（2）实质审查：是商标注册主管机关对商标注册申请是否合乎商标法的规定所进行的检查.资料检索，分析对比.调查研究并决定给予初步审定或驳回申请等一系列活动。
3.特点不同
（1）形式审查：主要审查申请人是否具有申请注册商标的主体资格和申请人申请商标所指定保护的商品是否符合法律规定。
（2）实质审查：可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查； 申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。
找法网提醒您，实质审查包括以下几个方面：
1.商标是否违背商标法的禁用条款。
2.商标是否具备法定的构成要素，是否具有显著特征。
3.商标是否与他人在同一种或类似商品上注册的商标相混同，是否与申请在先的商标及已撤销、失效并不满1年的注册商标相混同。
商标注册实质审查要九个月左右的时间。在审查过程中，商标局认为商标注册申请内容需要说明或者修正的，可以要求申请人做出说明或者修正。申请人未做出说明或者修正的，不影响商标局做出审查决定。申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不能不正当抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。实质审查如果通过，商标就进入商标公告阶段，为期3个月。在公告期内，在先权利人和利害关系人可对公告商标提出商标异议。
