行政合同纠纷应该的处理方式是：有约定的按约定；没有约定的，进行协商；协商不成的申请基层组织进行调解；调解不成的可以向法院起诉；签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
行政合同撤销的条件如下：
1.一方实施欺诈行为所订立的合同；
2.一方或第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下所订立的合同；
3.因重大误解所订立的合同；
4.明显显失公平所订立的合同；
5.其他法定事由等。
根据《行政诉讼法》第十八条，行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。经最高人民法院批准，高级人民法院可以根据审判工作的实际情况，确定若干人民法院跨行政区域管辖行政案件。
