企业如下确认股权转让收益：
1.净资产核定法
股权的转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告来核定股权的转让收入。
6个月内再次发生股权的转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权在转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权的转让收入。
2.类比法
(1)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权的转让收入核定;
(2)参照相同或类似条件下同类行业企业股权的转让收入核定。
3.其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。
找法网提醒您，股权转让的一般程序：
1.交易双方进行洽谈、对进行交易的事项进行初步确定；
2.通知各个股东，取得半数股东同意转让证明，以及其他股东放弃优先购买权证明；
3.签订股权转让协议；
4.注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并修改公司章程；
5.办理变更登记。
股权转让须提交下列材料：
1.法定代表人签署的《公司变更登记申请书》;
2.经办人身份证明;由企业登记代理机构代理的，同时提交企业登记代理机构营业执照(复印件1份，须加盖本企业印章，并注明“与原件一致”);
3.向原股东以外的人转让的，需提交原其他股东关于变更股东的决议原件;
4.公司章程修正案(经公司盖章的);
5.股权转让协议 ( 涉及国有产权的,提交国有产权管理部门的批准文件，股权转让协议还应经产权交易机构鉴证;不涉及国有产权股权转让的，股权转让协议应当办理公证或鉴证);
6.新股东的资格证明复印件(核对原件);
7.企业法人营业执照正本、副本原件;
8.法律、行政法规及国务院决定规定变更股权必须报经审批的，提交有关部门的批准文件。
