公司保留一份劳动合同是合法的。劳动合同签订后应一式3份，用人单位和劳动者各执1份。在鉴证劳动合同时，鉴证部门留存1份。因各地的情况不一样，签订劳动合同的份数应根据用人单位所在地劳动行政部门的要求来确定，至少要保证用人单位与劳动者双方当事人各有1份。
找法网提醒您，劳动合同纠纷的解决方式是：
1.协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2.调解
合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3.仲裁
合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼
对裁决结果不服的，可以向人民法院提起诉讼。
避免劳动合同纠纷需要注意以下几点：
1.劳动合同应依法订立。只有主体合法、内容合法、形式合法、程序合法的劳动合同才能产生法律效力。不合法的劳动合同，属于无效合同，不受法律承认和保护。
2.合同的订立必须采取书面形式。劳动合同都有一定的期限，而且劳动关系非常复杂，涉及诸多内容。采取书面形式使权利义务明确具体，有利于合同的履行。一旦发生争议，也有据可查，便于争议的解决。
3.合同的具体性。找法网提醒您，劳动合同字句要准确、清楚、完整、明白易懂，不能用缩写、替代或含糊的文字表达，否则就可能在劳动执行过程中产生误解或曲解，从而带来不必要的争议，给用人单位和劳动者双方造成损失，也为合同争议的处理带来困难。
