员工自动离职，企业应该做的是：
1.首先企业应给员工发送《限期返岗通知书》，限定日期返回工作岗位；
2.若员工未按要求返岗，开始计算员工旷工天数，达到可以解除劳动合同的天数（天数视自己企业的规章制度规定确定，一般连续旷工3天以上）后给员工发送《解除劳动合同通知书》，可以先选择人为送达的方式送到家里，如果没有人，再用EMS送，如果员工签收了，那么程序结束，如果没有签收还要走60天报纸公告程序。以上各种方式要留存未送达的凭据。
如果员工离职给公司造成了损失，公司以员工自离扣工资是可以的。但是每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准来支付。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
找法网提醒您， 根据劳动合同法的规定在员工离职后的十五天之内结清全部工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
