建筑工程设计合同纠纷应该处理的方法可以采取协商、调解、仲裁、诉讼方式处理。当事人自行协商不成的，可以请求有关部门进行调解。申请仲裁必须达成有效的仲裁协议，否则仲裁委员会不予受理。符合法定条件的，可以向人民法院起诉。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第十条【法律适用】处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。
建设工程合同纠纷的诉讼时效有3年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起计算，自权利受到损害之日超过二十年的人民法院不予保护，特殊情况可以申请适当延长。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
勘察、设计合同的内容必须包括以下条款：
1.预付工程款的数额、支付时限及抵扣方式；
2.工程进度款的支付方式、数额及时限；
3.工程施工中发生变更时，工程价款的调整方法、索赔方式、时限要求及金额支付方式；
4.发生工程价款纠纷的解决方法；
5.约定承担风险的范围及幅度以及超出约定范围和幅度的调整办法；
6.工程竣工价款的结算与支付方式、数额及时限；
7.工程质量保证(保修)金的数额、预扣方式及时限；
8.安全措施和意外伤害保险费用；
9.工期及工期提前或延后的奖惩办法；
10.与履行合同、支付价款相关的担保事项。
