1.设立的机关不同。派出机关由上一级人民政府经批准后依法设立，派出机构一般由某一级人民政府的工作部门如厅局委办依法设立；
2.权限的范围不同。派出机关的职能是综合的、权限是多方面的，对所管辖的某一地域范围具有相当于一级人民政府的管理职能。派出机构则是基于某一单一的行政职能而设立的，它的权限单一而仅就某一类行政事务行使职权；
3.两者的名称存在差别。派出机关只有三类，即在行政公署、区公所和街道办事处前分别加上所在地、市、市辖区或乡、民族乡的名称即可。而派出机构的名称很难概括，往往在其名称前要反映出设置这一派出机构的行政机关的名称，同时又要反映出该派出机构管辖地域的名称，如北京市公安局海淀分局北太平庄派出所；
4.主体资格不同。派出机关是独立的行政主体，能够独立承担责任，而派出机构则不是独立的行政主体，不能以自己的名义行使权力，除非它有法律法规的明确授权。
派出机构不可以作为行政主体。根据有关法律、法规的规定，县级以上地方各级人民政府可以根据工作需要，在一定区域内设立派出机关。派出机关是人民政府派出的国家行政机关，而派出机构是政府职能部门派出的从事某种专门职能的机构)。首先，派出机关具有行政法上的主体资格，是由一级人民政府经有权机关批准，在一定的行政区域内设立的行政机关。省，自治区人民政府在国务院的批准下设立行政公署。县，自治县在省，自治区，直辖市的批准下设立区公所。市辖区，不设区的市在经上一级人民政府的批准下设立街道办事处。派出机构在一般情况下不具有行政主体资格，但是有例外，就是法律法规规章有授权。
找法网提醒您，派出机关的复议机关：县级以上地方政府部门，如县公安局或者是财政局；垂直领导的行政机关，如海关、金融、税务、外汇和国安。行政复议比较特殊，仅找上一级主管部门，不找同级人民政府。
