民事纠纷调解协议书有法律效力。民事调解书是人民法院常用的重要的司法应用文之一，具有法律效力。它既是当事人协商结果的记录，又是人民法院予以批准的证明，也是当事人遵照执行的根据。因此，制作好调解书，对于及时解决人民内部矛盾，促进安定团结，宣传社会主义法制，预防和减少纠纷，都有重要意义。民事调解书有一审、二审、再审调解书的不同。调解书的效力是永久的，但是持有生效的调解书申请执行的期限是两年。如果你在调解书生效的两年内未申请执行，则你将丧失强制执行的权利，但是并不代表你的调解书就没有法律效力了。
民事纠纷程序的进行根据处理方式有所不同，如诉讼的要按照如下流程进行：
1.起诉
向有管辖权的法院立案庭递交诉状。
2.立案审查
符合立案条件，通知当事人7日内交诉讼费，交费后予以立案;不符合立案条件，裁定不予受理。
3.排期开庭
提前3日通知当事人开庭时间、地点、承办人；公开审理的案件提前3日进行公告。
4.开庭审理
宣布开庭、举证质证、法庭辩论、法庭调解。
5.宣判
同意判决，当事人自动履行裁判文书确定的义务或向我院告诉庭提出执行申请;不同意裁判，需要分情形区分对待： 裁定：送达之日起10日内向上级人民法院提出上诉; 判决：送达之日起15日内向上级人民法院提出上诉。
找法网提醒您，民事纠纷诉讼费一般是多少钱，具体情况如下：
1.财产案件根据诉讼请求的金额或者价额分段累计交纳；
2.离婚案件每件交纳50元至300元。涉及财产分割，财产总额不超过20万元的，不另行交纳；
3.侵害姓名权、名称权、肖像权、名誉权、荣誉权以及其他人格权的案件，每件交纳100元至500元；
4.其他非财产案件每件交纳50元至100元。
