年终奖个人所得税缴纳标准是5000元计算缴纳个税，具体有三种计税方法：
1.方法一：取得年终奖金当月个人的工资高于（或等于）费用扣除额（5000元）的，将年终奖金除以12个月，按照得出的数额找出所对应的税率和速算扣除数，然后用奖金全额×税率－速算扣除数，就是最终需要缴纳的税款额。
2.方法二：取得年终奖金当月个人的工资低于费用扣除额（5000元）的，将工资与年终奖金相加后，减去3500元，得出的数额，再除以12个月，找出对应的税率和速算扣除数，然后用这一数额×税率－速算扣除数，得出需要缴纳的税款额。
3.方法三：年终奖金与双薪同一个月内发放时，将所发的双薪与年终奖金合并除以12个月，找出对应税率，然后用这一数额×税率－速算扣除数。
补交个人所得税的方式如下：
1.补交个人所得税需要提供基本资料；
2.做好补交个人所得税的申报报表；
3.将申报报表提交到税务局，由税务局出具通用缴款书；
4.最后到银行去进行缴税。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国个人所得税法》第十条有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
