1.办理机关不同，起诉离婚是通过法院处理办理离婚，协议离婚是婚姻登记机关办理；
2.发生的原因不同，协议离婚的是双方对离婚事项、财产分割、子女抚养等事项达成一致，而起诉离婚是没有达成一致意见。
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
离婚向法院起诉一般需要一个月的时间开庭，有1-7天的立案审查时间，1-5天的送达起诉状的时间，再加上30天的举证期限，到开庭一般要32-42天时间。找法网提醒您，领开庭传票的时间要早些。三到六个月时间可以判决离婚。根据相关法律规定，人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内做出裁判。有特殊情况需要延长的，应当申请上级批准。适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内裁判。
法院离婚起诉费用由原告人预交，败诉者承担。离婚案件的诉讼费用一般是由双方协商，双方协商不成的，由法院来确定。一般来说，案件的诉讼费用是由败诉方承担的，但是离婚案件有其特殊性。
对于离婚案件，难以说谁败诉谁胜诉，法院只是根据双方当事人之间感情是否破裂的事实，依法判决离婚还是不离婚。因此民事诉讼法规定，离婚案件的受理费用由法院决定，法院可以根据不同案件的不同情况，既可以决定由男方承担，也可以决定由女方承担或者决定由双方当事人分担。
