被收购后的公司可以独立运作经营，具体运作方式由收购方与被收购方协商。找法网提醒您，公司合并的，应当由合并各方签订合并协议，收购后公司的运作方式由合并协议约定，合并各方应当履行协议约定。
收购公司的流程：
1.收购意向的确定（签署收购意向书）。
2.收购方作出收购决议。
3.目标公司召开股东大会，其他股东放弃优先购买权。
4.对目标公司进行尽职调查，明确收购对象的基本情况。
5.签订收购协议。
6.收购前债权债务的安排和承诺。
7.保密条款。
8.违约责任、争议解决、办理后续变更手续。
根据《公司法》第一百七十二条公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
公司收购时需要注意以下问题：
1.注册资本问题；
2.公司资产、负债以及所有者权益等问题；
3.收购方在收购目标公司时，需要对公司的财务会计制度进行详细的考察，客观合理地评定目标公司的价值。
《上市公司收购管理办法》第二条规定，上市公司的收购及相关股份权益变动，必须遵守法律、行政法规及中国证券监督管理委员会（以下简称中国证监会）的规定。当事人应当诚实守信，遵守社会公德、商业道德，自觉维护证券市场秩序，接受政府、社会公众的监督。
