收购外商独资企业的程序是如下：
1.收购意向的确定；
2.收购方作出收购决议；
3.目标公司召开股东大会，其它股东放弃优先购买权；
4.对目标公司开展尽职调查，明确要收购对象的基本情况；
5.签订收购协议；
6.后续变更手续办理。
法律依据：
《关于外国投资者并购境内企业的规定》 第二条 本规定所称外国投资者并购境内企业，系指外国投资者购买境内非外商投资企业(以下称“境内公司”)股东的股权或认购境内公司增资，使该境内公司变更设立为外商投资企业(以下称“股权并购”);或者，外国投资者设立外商投资企业，并通过该企业协议购买境内企业资产且运营该资产，或，外国投资者协议购买境内企业资产，并以该资产投资设立外商投资企业运营该资产(以下称“资产并购”)。
被收购企业的账务有以下几点处理：
1.原价转让，根据股权的转让协议入账，会计分录。借：实收资本--旧股东。
贷：实收资本--新股东。
注：转让款可以不通过账面体现，直接给出让方。
2.其他会计账面数据不变，继续沿用旧账就行了。
法律依据：《中华人民共和国公司法》 第一百七十二条 公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。 一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
找法网提醒您，公司被收购对员工的影响是：员工与原公司的劳动合同关系继续有效，只是劳动合同的主体变为了员工与收购后存续的公司。员工仍然可以在收购后存续的公司里工作。
