夫妻双方户口不在一起办结婚证的手续如下：
1.申请。要求结婚的男女双方共同到一方户口所在地的婚姻登记机关申请结婚登记。申请登记的时候男女双方必须同时在场。如果是离过婚的还应当持离婚证。在实行婚前检查的地方还应该持有医院的婚前检查证明。
2.审查。找法网提醒您，登记机关对于双方当事人的结婚申请审查，在必要时，可以要求当事人提供有关的证明材料，或进行必要的调查，或指定项目进行医学上的鉴定。
3.登记。婚姻登记机关经审查后，认为符合结婚条件的，准予登记，发给结婚证。婚姻登记机关不与登记的，应当出份书面说明，说明不与登记的理由。
未婚先孕办理结婚登记不会罚款，但如果孩子生出来后六个月内仍没有办理生育服务证的，可能要被计生部门罚款才能上户，尽快去办理结婚登记以及准生证明，然后依法生育小孩。根据法律规定，“结婚年龄，男不得早于二十二周岁，女不得早于二十周岁”。因此，如果不到法定结婚年龄，则无法办理结婚登记手续。如果没有结婚先怀孕的，只要在生育小孩前办理结婚登记，并向计生部门办理生育登记，计生部门不对其征收社会抚养费，也不会罚款。所以要是在结婚的时候只是怀了小孩，但还没有生下来，就不算违反法律，也不会被罚款。
结婚证可以补办，结婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，应当为当事人补发结婚证。
