申请医疗事故司法鉴定的流程如下：
1.提出医疗事故争议；
2.申请医疗事故技术鉴定；
3.接到医疗事故鉴定书后，根据鉴定结果，双方可以可自行协商赔偿，也可以申请卫生局调解、或者申请由法院判赔；
4.任何纠纷解决后，各医疗单位必须在7日内将处理结果以书面形式上报市卫生局。
司法鉴定需要的材料为：委托书、身份证、鉴定所需的样本和检材等。找法网提醒，司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。
1.启动程序不同
医疗技术鉴定是由属地的卫生行政部门委托启动鉴定程序，解决是否属于医疗事故的问题，是否赔偿调解问题。医疗技术鉴定可由双方当事人共同委托启动鉴定程序，给双方当事人一个“说法”，双方当事人共同委托的鉴定属于自行鉴定。司法鉴定是独立于行政鉴定和自行鉴定之外的一种鉴定，由双方当事人共同申请，由法官启动。
2.鉴定人员组成不同
医疗鉴定人员由属地省级医学会组建省级医学专家库，地市级医学会组建属地的市级医学专家库，鉴定人员是医学专家。司法鉴定人员是由司法机构的法医主持鉴定，聘请临床医学专家参与。
3.鉴定的组织者不同
医疗鉴定由属地的医学会负责组织，并承担鉴定事务，司法鉴定组织者是属地的司法鉴定机构。
4.鉴定的内容与目的有不同
医疗鉴定多注重是否属于医疗事故的认定，司法鉴定重在解决医疗行为是否有过错，这种过错与损害后果是否有因果关系。
